Geeniuuring

Põhja-Euroopa kanade kohta puuduvad aDNA uuringud ning teadmised selle piirkonna iidsetest kanadest on väga piiratud, kuna neid mainitakse kirjalikes allikates harva.

Mitmes Läänemere-äärses riigis arvatakse, et neis on säilinud kohalikke maatõugu kanu. Maatõugu kanad on kohalike keskkonnatingimustega kohanenud kanatõud või populatsioonid, keda on piirkonnas pikka aega kasvatatud ning kelle ristamist kommertslike tootmistõugudega välditakse; seega võivad nad põlvneda iidsetest kanadest.

Tänapäeva kanadel esineb mitmetes geenides kunstliku valiku efekt. Üks selline geen on TSHR, mis kodeerib kilpnääret stimuleeriva hormooni retseptorit. Selles geenis on avastatud kunstliku valiku põhjustatud mutatsioon, mis on tõenäoliselt seotud muutustega hooajalises sigimises, põhjustades varasemat munemist ja sugulist küpsemist, väiksemat agressiivsust teiste kanade suhtes ning alanenud inimkartust, mis on kodustatud loomadele iseloomulikud tunnused.

On pakutud, et see geen mängis kanade kodustamise ajaloos olulist rolli, kuna praktiliselt kõik tänapäeva kanad kannavad selle geeni muteerunud ‘sweep’ alleeli. Siiski näitavad muistse DNA uuringud, et see geen on olnud selektsiooni all suhteliselt hiljuti, alates umbes 1100 aasta tagusest ajast, ning see ‘sweep’-alleel on fikseerunud viimase 500 aasta jooksul.

Teine ajalooliselt kunstliku valiku all olnud geen on BCDO2 (β-karoteeni dioksügenaas 2) geen. Selle geeni retsessiivne mutatsioon põhjustab kanadel kollast nahka. Selle geeni domineeriva metsiktüüpi alleeliga isenditel on valge või hallikas nahavärvus, samas kui enamikul tänapäeva kanatõugudel on kollane nahk.

Uuringu eesmärk oli hinnata Läänemere regiooni muistsete kanade geneetilist sarnasust varasemalt uuritud Kesk- ja Lõuna-Euroopa ning Lääne-Venemaa kanadega. Selleks (1) eraldati vana-DNAd Soome, Eesti ja Leedu muistsete kanade arheoloogilistest luudest ning analüüsisiti mitokondriaalse DNA fragmenti, et uurida emaliinide  sugulust. (2) Analüüsiti TSHR ja BCDO2 geenide alleelisagedusi ning võrreldi tulemusi varem uuritud Kesk- ja Lõuna-Euroopa muistsete kanadega. (3) Dateeriti valitud muistsed kanaproovid radiosüsiniku meetodil, et paigutada need ajalisse järjestusse. (4) Eesmärk oli hinnata tänapäevaste Soome ja Eesti maakanade sarnasust nende piirkondade muistsete kanadega.  Võrreldi tänapäevaste ja samadest  geograafilistest piirkondadest pärit muistsete maakanade mitokondriaalse DNA järjestusi ja kahe geeni alleelisagedusi.

Proovide kogum hõlmas 113 muistset kanaluude proovi ja 103 suleproovi tänapäevastelt maakanadelt. Muistsetest proovidest pärinesid 18 Eestist (7.–20. sajand m.a.j). Tänapäevastest proovidest pärinesid 64 suleproovi Eesti maakana populatsioonidelt, hõlmates kõiki säilinud liine ja nende segusid.

Kõik tänapäevased Eesti maakanad kuulusid mitokondriaalsesse (emaliini) haplogruppi E1, nagu ka muistsed Eesti maakanad. See-eest ei esinenud kõiki tänapäevaste Eesti maakanade haplotüüpe muistsete maakanade proovides, lisaks olid haplotüübid tänapäevaste Eesti maakanade puhul märkimisväärselt mitmekesisemad. Muistsete proovide vähesuse tõttu ei saa väita, et neid haplotüüpe muistsete maakanade puhul ei esinenud.

Tänapäevastel Eesti maakanadel olid võrreldes muistsete Eesti maakanadega sarnased alleelisagedused mõlema geeni, nii TSHR kui ka BCDO2 alleelide puhul. Tänapäevastel Eesti maakanadel oli kõrgem sweep-alleeli sagedus kui tänapäevastel soome maakanadel või muistsetel Eesti maakanadel, kuid siiski oli muistset tüüpi alleel peamine alleelitüüp.

Mitokondriaalse DNA ning geenide TSHR ja BCDO2 alleelisageduste põhjal ilmneb, et tänapäevased Eesti maakanad (proovid võetud 2024. aastal) sarnanevad muistsete Eesti maakanadega (proovid pärinevad 7.-20. sajandist) rohkem kui tänapäevased Soome maakanad (proovid 2024. aastast) muistsete Soome mandriala ja Ålandi saarte maakanadega (proovid pärinevad 3.-18. sajandist). Seega võivad Eestis olla maakanade liinid võrreldes Soomega püsinud sarnasemana.

Eesti ja Soome maatõugu kanadel esines TSHR metsiktüüpi alleeli sagedamini kui tänapäevastel võrdlusproovidel.

Lisaks erinevad nii Soome kui ka Eesti maakanad mitokondriaalse DNA ning TSHR-i ja BCDO2 alleelisageduste põhjal märkimisväärselt tänapäevastest tootmistõugudest. Järelikult on põlised maatõud olulised geneetilise mitmekesisuse reservuaarid tootmistõugude jaoks. Sellist reservuaari on vaja näiteks selleks, et tagada tootmistõugude vastupidavust haigustele, vähendada suguluspaarituse riske ning pakkuda muutuvate keskkonnatingimustega kohanemiseks tulevikus paremaid võimalusi.